Estas colecciones están compuestas por aquellos materiales arqueológicos recolectados por investigadores que en su momento trabajaron en la institución y, luego, quedaron en resguardo del Instituto en forma permanente. Estos materiales conforman colecciones que son de interés y consulta dado que provienen de localidades que representan hitos en la historia de la arqueología de diversas regiones de nuestro país. Estas colecciones tienen un importante valor patrimonial, documental y didáctico. Representan un material de estudio para los investigadores nacionales y extranjeros que estén trabajando en esas mismas áreas o períodos, y también de potencial beneficio para el público en general. En muchos casos estas colecciones están acompañadas por libretas de campo, material gráfico y libros de registro.